Υπάρχουν πολλά ιδρύματα τριτοβάθμιας εκπαίδευσης που βρίσκονται σε όλο το Πουέρτο Ρίκο, με το Πανεπιστήμιο του Πουέρτο Ρίκο είναι το παλαιότερο και μεγαλύτερο. Ως έδαφος των Ηνωμένων Πολιτειών, οι πολίτες μπορούν να έχουν πρόσβαση σε επιπλέον ευκαιρίες για εκπαίδευση.

Ένα διδακτορικό Φιλοσοφίας, ή PhD, μπορεί να απαιτήσει οκτώ χρόνια ή περισσότερα για να ολοκληρωθεί, καθώς και μια διατριβή. Στους περισσότερους τομείς, η κατοχή ενός διδακτορικού διπλώματος πληροί τον κάτοχο για να γίνει καθηγητής ενός επιλεγμένου κλάδου. Υπάρχουν διαθέσιμα πολλά διαφορετικά προγράμματα.